För att garantera att rätt analysresultat lämnar laboratoriet, kontrolleras allt analysarbete genom olika kontrollsystem. Kontrollerna har kända värden och förekommer oftast i 3 olika nivåer (låg, normal och hög).
Två typer av kontroller används:
Intern kvalitetskontroll: Med hjälp av detta system får man en uppfattning om felet i metoden, dvs om analysvärden ligger på rätt nivå.
Extern kvalitetskontroll: Genom att använda externa kontroller upptäcks eventuella lokala avvikelser och provsvaren blir då jämförbara med andra sjukhuslaboratorier. Exempel på extern kvalitetskontroll är svenska Equalis.